蔡英文会中做出6点裁示，她认为，此事代表部队纪律松散，因此海军要立即完成整顿，最短时间内就要看到成果；同时，她也重批，若是已有标准作业程序，士官兵不确实执行，这就是目无军纪，人谋不臧。“军队没有纪律，便不叫军队”。
蔡英文
台当局发言人黄重谚晚间转述，蔡英文在简报后提出6点裁示，首先，她再次向罹难的船长黄文忠表示哀悼，也对受伤的船员致上歉意，并指示相关单位，务必全力协助家属善后及赔偿事宜，“政府一定负责到底”。
针对此事，蔡英文说，“绝对不可原谅”，它代表部队运作存在严重的问题。这次事件，绝对不只是个人操作失误的问题。雄风三型飞弹这种高度精准武器，具备了多重安全保险设计，但是在这次事件里，却因为人为操作问题，竟然全部没有作用，令人难以想像。
蔡英文
她认为，这代表该部队纪律松散，从管理到训练，许多环节都出了问题，而毫无警觉。做为“三军统帅”，蔡英文无法容忍，因此，在海军的舰队管理、人员纪律、教育训练，由海军司令负完全责任，立即完成整顿。从训练到作战，所有机制，重新检讨，要在最短时间内看到成果。
