与印尼在纳土纳群岛海域存在争议的并非只有中国，马来西亚和越南也对部分海域存在诉求，但彼此的矛盾和争议并没有扩大化，而相对于越南和马来西亚，印尼一直认为中国的威胁最大，并极力拉拢越南、菲律宾和文莱，在纳土纳群岛海域实施联合巡逻，以对抗中国在该地区日益增强的海洋活动。实际上自2012年中菲黄岩岛冲突爆发后，印尼一直扮演中立和调停者的身份，多次联手马来西亚，在重大国际场合上站出来支持中国，使菲律宾和越南的阴谋多次破产，但自从2015年美国加大介入冲突后，印尼的立场突然发生了转变。
印尼海军舰艇
很显然印尼在争议问题上立场的转变，一方面与中国在该区域的活动和军事部署有关，另一方面也与美国的拉拢和怂恿脱不了干系，中国在西沙和南沙的围礁造岛工程，加上在永兴岛部署导弹和战机，不仅引起了美国的紧张和担忧，更让一些周边国家感受到了威胁，为此印尼采取了一系列的动作，首先印尼进行了新一轮的军购计划，向日本和俄罗斯等购买了大量的先进装备，强化对中国的防范；其次升级在纳土纳群岛的基地和机场，增派三艘护卫舰、10多架各类型的战斗机和大量的导弹以及雷达；而后极力拉拢美国，实现了印尼与美国在该海域的执法合作。
此次印尼军舰枪击和扣押中国渔船，很显然是在警告和威胁中国，对于纳土纳群岛中国一再宣称没有异议，但是印尼似乎并不信任中国，反而频频拿该群岛说事，并且在该海域针对中国的动作不断，而印尼这样做明显是故意渲染和制造紧张气氛，从而以此为借口，向纳土纳群岛增派军事力量，企图将与中国存在重叠部分的专属区纳为己有。印尼在纳土纳群岛专属区抓捕和枪击中国渔船事件多次发生，想必此类事件日后肯定还会发生，但中国恐怕也不会无动于衷，日后必定会加强在该区域的力量存在，捍卫自身的主权和利益。
