北约解释这是误炸，原因是使用了一份美国中央情报局过时的地图；而且中国大使馆距离北约轰炸的真正目标南斯拉夫军事总指挥部仅只有180米，且两个建筑物的大小形状都十分相似。国际特赦组织则支持北约的解释，同时谴责北约没有采取适当措施来保证无辜民众的生命不受伤害。
中国使馆被炸后的废墟
有人认为这是一次蓄意的轰炸，其目的是为了摧毁中国得到F-117的残骸。当年4月左右，在南斯拉夫境内，美国的F-117隐型战斗轰炸机被击落后，中国马上向南联盟提出要求，把F-117的部分设备和残骸供中国研究，在中国和南联盟达成协议后，南联盟把F-117的导航设备、带有隐型涂料的表皮残骸、发动机喷口耐高温部件在秘密状态下移交给了中国，放在中国驻南斯拉夫大使馆的地下室供中国的军事专家研究。但此说法遭到了曾任中国驻南联盟大使潘占林的否认。
事件之后，中国民众群情激愤，很多大学生到美国和其他北约国家驻北京、上海、沈阳等地的使馆前示威游行，游行活动在后期出现了失控的苗头，包括焚烧美国快餐店、破坏美国使领馆等，甚至一些批评中国政府懦弱的言论也开始流传。
