黄重谚也说，项目小组建议不同意此案申请，并非为了阻挠马英九公开演说或国际发声，系评估此一行程所能达成之目的与台湾“国家安全”利益可能造成之风险之间两相权衡，尚难认为符合比例原则。同时，项目小组也建议马英九可参考往例，在不须亲自出境之下，以国际视频会议等作法，达成发表演说的目的。
此外，黄重谚也指出，项目小组认为本案是“国家机密保护法”公布施行以来，首度“卸任总统”于管制期间申请出境的个案，而过去对于类似案件的准驳并无完整的审酌与评估作业流程，基于申请人曾任“总统”身分的特殊性、重要性及机敏性，因此项目小组也认为应参酌本案处理程序与经验，以及“行政院法务部”相关法律见解，检讨修正“总统府”既有做法，以完备相关规范，建立常态性制度据以执行，以落实“国家机密保护法”之立法意旨及目的。
此前，有台湾媒体报道称，台“总统府”认为“涉密程度低”，倾向批准马英九的赴港申请。“总统府发言人”黄重谚7日曾表示，在评估完成之前，“任何可能性都存在”，“总统府”没有预设立场，也没有倾向准或倾向驳的问题。
而台湾亲绿媒体《南方快报》的文章鼓吹，香港在大陆统治之下，大陆是台湾的“敌国”，因此，马英九的决定其实是“通匪”。报道称，有“台独”媒体将马英九称为“不断捣蛋的前总统”，称马英九迫不及待想去香港，“为媒体颁奖是幌子，真正的目的是给新政府添乱，制造麻烦，光是蔡英文给不给去，就已吹皱一池春水，后续的发展，还必须仔细观察他的邪恶布局，才能洞察其奸”。
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一、本案法制背景
按国家机密保护法第26条第1项，对于核定、办理国家机密之退、离职或移交国家机密未满三年之人员，有出境管制之规定。有关前开出境管制之人员，应经其（原）服务机关或委托机关首长或其授权之人核准之后，始得出境。
国家机密保护法之立法意旨及目的，系因国家机密攸关国家安全或利益，若涉及国家机密之退、离职或移交人员任意出境，在外恐易发生泄漏国家机密之情事，将造成国家安全及利益之重大损害，故应由该（原）服务机关或其授权之人，审酌其守密程度等相关事由后据以准驳。如其涉密程度不深或无发生泄密之虞，始应予准许。
