菲律宾共提出15个仲裁事项，可归纳为以下三类：第一，中国在“九段线”（即我南海断续线）内的“历史性权利”主张与《公约》不符，请求仲裁庭对中国主张是否有效做出裁决；第二，中国依据南海若干岩礁、低潮高地和水下地物提出的权利主张与《公约》不符，请求仲裁庭对这些海洋地形的地位和所能产生的海洋区域做出定义；第三，中国在南海的某些活动干涉了菲律宾所享有和行使的主权权利、管辖权以及航行权利和自由，请求仲裁庭裁定中国这些活动是否违反《公约》规定。
菲方认为仲裁庭具有管辖权的理由第一，从最广泛的层面上看，双方的争端涉及对各自海洋权利来源的不同观点。菲律宾认为《公约》的首要成就是确定了沿海国的海洋权利，并在就其性质与范围出现争端时提供了争议解决的可能性。因此，菲方所提的关于此种权利是否存在的仲裁事项涉及《公约》条款的解释或适用问题，所以仲裁庭对此拥有管辖权。
第二，与第一点类似，菲律宾辩称其所提的岛礁状态地位和中国在南海行为的仲裁事项均涉及到《公约》解释与适用。菲方称，《条约》中关于岛礁的状态和海区的确权属性并不取决于事先确定该岛礁主权归属于哪个国家。因为不论哪一个国家对该岛礁享有主权，该岛礁的状态地位都不会发生变化，因此仲裁庭在对菲方所提事项作出决定时不需要就主权问题进行审议。尽管并不对整个争端中所有问题享有管辖权，法庭可以对一个多面问题的一部分行使管辖权，这是国际法中确立的原则。菲方据此认为仲裁庭对此具有管辖权。
第三，针对2002年《南海各方行为宣言》（以下简称《宣言》）中达成的以谈判方式解决有关争端的协议，菲方辩称其并非是在法律上有约束力的协定。菲方提出，《宣言》中没有任何条款可以被解读为排除通过仲裁解决争端的可能，并且在《宣言》中关于争端解决的条款本身则参考《公约》。而且菲方称其已经履行了《公约》中规定的与中国就双方争议交换意见的义务。
