毛新宇开始认真考虑母亲的建议。1992年9月，他考取了中央党校硕士研究生，开始研究党史和毛泽东思想。2000年9月，毛新宇师从解放军军事科学院历史研究部研究员刘国语将军，攻读博士学位，研究方向为毛泽东军事思想。与此同时，毛新宇加入解放军。毛新宇在读博期间完成了论文《毛泽东战略进攻思想研究》，获得了当年全国百篇优秀博士论文奖。
毛新宇提及爷爷总是面露敬仰神情。“毛泽东的后代不好当，我感觉到包括我的朋友，军队的同事，大家都是这种心情，所有的人把对毛主席的敬仰和热爱都转移到我身上，所以我的压力太大，责任太重。”
毛新宇毕竟代表了中国最重要的红色家族，他的一举一动都受人瞩目。在人民大学的四年求学期间，毛新宇居然能选择住校。这让一些对毛泽东有想法的人蜂拥而至。
“有些人把对‘老人家’的恩恩怨怨发泄到我身上。四川就曾有个人写信给我，说爷爷造成了她的悲剧，被打成右派，一生坎坷。言词很激烈。我理解她的心情，也同情她可能遭受过的不幸。但我觉得她这么做不客观，也不必要，可不管怎么说，这种事总让我心里有阴影，不痛快，每遇见一次这种事，总有几天吃不好饭。”
由于毛泽东与杨开慧、贺子珍、江青三任妻子共育有10个子女，留在身边的子女只有毛岸英、毛岸青、李敏、李讷，因而，一些人自称是毛新宇失散多年的“叔叔”，人民大学的学生宿舍成为他们的寻亲目标。“不管自述的身世能不能牛头对上马嘴，谱还挺大，来了就朝同学们的床上一躺，开始谁也不知究竟，都不敢说什么，赶忙找我回来，然后就有各式各样表演，有痛说家史，有慷慨陈词，有痛哭流涕，弄得我莫名其妙。
