其二，根据检方指控，令计划涉嫌违纪违法行为自其担任中办副主任时起。公开简历显示，令计划在1999年由中办调研室副主任升任中办副主任兼调研室主任，8年后的2007年转正为中办主任。1999年至2007年之间的某个时间点，是他在违纪违法道路上越行越远的开端。
其三，检方指控令计划“非法获取国家秘密，情节严重”，而没有提到“泄露”国家秘密。相之相比，天津市检察院则指控周永康“违反保守国家秘密法的规定，故意泄露国家秘密，情节特别严重”。外界曾认为，令计划曾将大量国家秘密交付其弟令完成。
令计划
其四，令计划的违法违纪行为一直延续至担任中央统战部部长、全国政协副主席等职务之时。此前外界多认为，令计划的违纪违法行为主要集中于他在中办任职之时。而检方指控则说明，其离开中办之后仍然没有收手。当然也有可能是，他在统战和政协系统工作期间，为先前的违纪违法行为做出了一些后续动作。
其五，在新华社此次的通报短讯中，没有说明提起公诉的具体时间。相比之下，新华社在2013年7月25日通报薄熙来案时称，“今日已由山东省济南市人民检察院向济南市中级人民法院提起公诉”，在2015年4月3日通报周永康案时称，“4月3日，天津市人民检察院第一分院向天津市第一中级人民法院提起公诉”。从“今日”、“4月3日”至“近日”，这一细节或许也反映了令计划案比周薄案更高的保密程度。
