第四，针对《公约》关于军事和执法活动对管辖权的例外规定，菲方称不认为其所提事项有涉及到执法活动这一例外。至于军事活动例外，菲方认为中国并不愿认定其行为的军事性质，在立场文件中也没有引用这项例外。第五，针对在专属经济区内的生物资源引发争端的管辖权例外，菲方称该例外在本案中不适用，因为中方的违法行为或是在斯卡伯勒礁（黄岩岛）周围的领海，或是在只有菲律宾享有专属经济区权利的汤姆斯第二滩（仁爱礁）和美济礁附近，因此仲裁庭对此事项拥有管辖权。
中方立场认为仲裁庭对仲裁案没有管辖权中方在立场文件中主要阐述了以下观点：
（一）菲律宾提请仲裁事项的实质是南海部分岛礁的领土主权问题，超出《公约》的调整范围，不涉及《公约》的解释或适用。国家的领土主权是其海洋权利的基础，这是国际法的一般原则。脱离了国家主权，岛礁本身不拥有任何海洋权利。只有对相关岛礁拥有主权的国家，才可以依据《公约》基于相关岛礁提出海洋权利主张。因此，菲方提出的仲裁事项所涉及的岛礁的状态地位，并不能绕过领土主权问题，成为具体而真实的争端。因此，仲裁庭对相关事项不具有管辖权。
（二）以谈判方式解决有关争端是中菲通过双边文件和《南海各方行为宣言》所达成的协议，菲律宾无权单方面提起强制仲裁。中菲多项双边文件在提及以谈判方式解决有关争端时反复使用了“同意”一词，确立两国之间相关义务的意图非常明显。《宣言》第四条使用了“承诺”一词，这也是协议中通常用以确定当事方义务的词语。并且《宣言》第四条反复重申以谈判方式和平解决南海争端，规定必须在直接有关的主权国家之间进行，显然排除了第三方争端解决程序。而对于菲方宣称其已履行了《公约》中所规定的与中国就双方争议交换意见的义务，事实上，迄今为止，中菲两国从未就菲律宾所提仲裁事项进行过谈判。
