关于草案二审稿中“境外非政府组织代表机构驻在期限不超过五年”的规定，一些常委会委员、部门提出，对于从事非法活动的境外非政府组织代表机构，可以依法通过撤销登记、吊销登记证书等手段进行处罚；对于合法开展活动的境外非政府组织代表机构，国家应当为其提供便利和服务，不应对其驻在期限再作出规定。草案三审稿删除了有关“驻在期限”的规定。
一些常委会组成人员和部门还提出，对境外非政府组织的境内活动，应当加强资金监管，对其招募志愿者和聘用工作人员等可不作限制性规定，按照现行有关法律法规办理即可。草案三审稿采纳了这一意见，删除了相关内容，同时在“活动规范”一章中对境外非政府组织在我国境内活动的资金来源、收付及其账户管理作出严格规定，规定其代表机构的财务会计报告须经审计，并向社会公开。
亮点三：适当简化临时活动办理程序
草案二审稿规定，境外非政府组织未在中国境内设立代表机构，在中国境内开展临时活动的，应当经业务主管单位同意，并向登记管理机关申请临时活动许可。
围绕这一规定，一些常委会委员、部门和专家学者提出，境外非政府组织在我国境内开展的临时活动数量大，规定都要申请许可，会影响正常的交流合作，建议适当简化临时活动的办理程序。草案三审稿将规定修改为：境外非政府组织开展临时活动，中方合作单位应当按照国家规定办理审批手续，并在开展临时活动十五日前向其所在地的登记管理机关备案。
