岛内担心蔡英文南海立场
不少政界人士和学者对马英九的做法表达支持。前台北市长郝龙斌28日称，马英九登太平岛是天经地义的事情，他到“领土”的任何一个地方不容许别人说三道四，“这是尊严的问题，也是主权独立的问题，我当然支持他去”。
东吴大学政治系教授刘必荣说，台美关系虽然很好，但马英九对领土不能让步的做法正确。前“国安会秘书长”苏起表示，马应在卸任前去太平岛，美国先前不想让他去，是因为当时确实比较敏感;但现在即将下台的“总统”引起争议不会如想象中大，不至于引起太大反弹。
民进党主席蔡英文
事实上，造访过太平岛的官员不只马英九。2008年，陈水扁曾前往太平岛，主持当时新机场的启用仪式，也成为首个抵达太平岛的台湾领导人。2012年8月，时任“国安会秘书长”胡为真也曾率领当局部会首长前往太平岛视察。
不少舆论对即将就职的蔡英文在太平岛问题上的立场表示质疑。台湾海洋大学海洋法律研究所教授高圣惕28日称，“U形线”是台湾南海领土海域主张的底线，而蔡英文曾说“中华民国政府是流亡政权”，加上民进党曾对美国表示将放弃“U形线”，“蔡执政后是否持续这样的想法，将牵涉一中原则，成为北京试探观望的考察点之一”。
蔡英文高票当选台湾地区领导人
台湾政治大学学者蔡增家28日撰文称，民进党不派人去太平岛，表面上是不愿为马英九的政绩加分，实际上是积极配合美国的政策，民进党需要美国给大陆施加压力，不要在民进党上台之后对台湾下重手。
所以民进党在南海的问题上，当然不能给美国添麻烦，“而越来越配合美国的政策，只会让台湾失去原有的外交自主性，连声张主权的微弱声音都不敢发。而这应该是民进党上台之后，大家最担心的事”。
台湾媒体28日称，南海主权争议再起，主因是菲律宾向海牙国际法庭提出仲裁案，而菲律宾的背后有美国的身影，在台湾很难取得国际支持的情况下，若无大动作主张主权，等同默认菲律宾等国的主张。
