由于太平岛距离台湾本岛甚远，因此除了台湾空军每二个月一次的C-130运输机运补班机外，并无其他定期航班。C-130运输机从台湾高雄国际机场出发前往太平岛，飞机须由A577航路向南飞，至台北飞航情报区边界点KABAM时加入位于马尼拉飞航情报区内的N892航路往西南方飞行，到了定位点ATBUD时转入M772航路往南飞行(M772航路为北向单行航路，向南飞时须先向马尼拉飞航情报区航管单位申请)200浬时至定位点VAVUM时则下降以目视飞行的方式进场。
越南在太平岛机场建成后向台湾当局抗议其在南中国海太平岛(越南称太平岛为：Thai Binh)之作为属于侵犯越南主权，越南外交部发言人黎勇发指出：“台湾在南中国海建立机场将对于区域稳定、日后合作的情势造成负面影响。”菲律宾根据“中菲建交公报”中之“一中原则”向中国政府抗议，但菲律宾无视现局“两岸分治”之事实，向中国抗议也是无法解决问题。虽事实如此但菲律宾外交部发言人仍指出：“我们坚守一中原则，菲律宾仅会和中华人民共和国政府解决此问题。”
