1986年，中共中央、国务院决定对三峡工程进行论证，黄万里教授没有被邀请参加工程论证。黄万里数次给中央领导人和政治局，国务院总理、副总理、国家监察部写信，痛述三峡工程的危害。要求中央决策层给他半个小时的时间，陈述为什么三峡工程永不可建的原因。但没有答复。
黄万里晚年病重昏迷中仍喃喃呼出：“三峡！三峡，三峡千万不能上！”2001年8月27日，他带着无尽的遗憾离开了人世。
“圣人出，黄河清”是封建时代的人文思维，带有谶纬迷信色彩，在严肃的科学论证面前，本来上不得台面。但当时的某些参与决策者，竟然将这种腐朽观念奉若神明。
苏联专家不会懂得这个掌故，肯定是中国人才会搬出这种错误的人文思维作为武器，为错误的技术思维开路。该工程当时没有问责制，如今要想问责，主要决策者已经不在了，剩下几个技术官僚和科学“泰斗”，在责任上“顾左右而言他”，肉烂嘴不烂。
在既有三门峡和阿斯旺的前车之鉴、国内也存在众多反对意见的背景下，三峡工程议案于1992年被七届人大五次会议以1767票通过，反对177票，弃权664票，赞成票数之少，在人大历史上是空前的。
