辉煌过后是长期的沉寂。当时普遍认为9188代表着中国核潜艇研制作为一个举国大型科研项目（而非作为海军的装备项目）已经圆满结束，加上后续艇计划已取消，主要生产厂家已经开始了军转民步伐，核潜艇项目特别是战略核潜艇实际已经处于下马状态。而按照国外战略核潜艇的战备标准，此时的406艇距离形成战斗力更是差得很远很远。虽然为之组建的21和22两个艇员队仍然随艇保持着基本训练，但在9188之后两年多的时间，没有任何任务的406艇只能长期停在厂内接受维修改装，更不要说执行部署任务了。
据《刘华清回忆录》所载，1990年江泽民主席出席405艇下水仪式时，了解到核潜艇生产线遇到的种种窘境，包括406艇发射筒内竟空无一弹的情况。江泽民主席当场拍板，“核潜艇不能断线！”这一决策改变了中国核潜艇的发展，也改变了406艇之后的命运。1991年10月，由我军当时所有核潜艇编组而成的北海舰队某潜艇基地终于开始担负一支战斗部队应当履行的战备值班任务。虽然这个“值班”主要说的是开始常年出岛链与外军舰机遭遇对峙的091型，但406艇也开始了作为战略核潜艇所必须的水下长航训练。
