由于工业基础的限制，尽管国产第一代核潜艇已经是当时国内最尖端技术的结晶，但究其技战术指标和可靠性，它们相比美俄同期核潜艇仍然是无可辩驳的落后。直到现在的093和094型也只是在努力缩小和美俄先进核潜艇的差距，更多解决的还是堪用问题。而在1995年改装中实施“双改”工程之前，由于设计年代所限，和091早期型一样，406艇对生活设施、抗辐射措施考虑很不完善。舱室内的有害气体对人体心血管和呼吸道都有损害，加上过度劳累工作，很多在406艇长期服役的官兵都有不同程度的健康问题。
2015年10月12日，从普通一兵成长为艇长，军旅生涯的前20多年一直在406艇上服役，多次被总部和海军表彰为优秀主官的“老09人”，海军副参谋长阎保健海军少将因病逝世，享年58岁。而从开工至今已经45年的406艇，也已经是名副其实的“老头艇”了。和这个“老头”同时代的401和402艇已经退役多年，前者即将进入青岛海军博物馆。无论406艇未来退役后能否进入博物馆继续发挥余热，它早已是见证跨越半个世纪以来中国努力建设大国战略核反击力量的丰碑。
