日军攻占南京后马上杀害全部俘虏，还在全城搜捕逃散的中国官兵，并对和平居民实施杀戮、抢劫和强奸。当时，日本当局得意地在其国内组织“提灯庆祝”，有关媒体还刊登了“百人斩”这种以杀人竞赛为乐的报道。不过随着中国方面的抗战更为顽强，以及国际舆论对日军在南京屠杀暴行的揭露，日本当局便开始讳言此事，甚至向侵华回国的官兵下达“钳口令”。
1945年8月15日，天皇广播所谓“终战诏书”即事实上接受投降当天，日本政府和军队便接到“销毁一切可能成为审判材料的文件”的命令，各地日军机关连续多日浓烟蔽日，暴行材料基本都被匆匆烧掉。尽管如此，1946年5月开始的东京审判中，法庭仍然从战时缴获、证人出庭、公开报刊和受害者控诉等方面获得大量无可辩驳的罪证，最终认定了南京大屠杀的事实，并在判决时以保守估计认定遇害人数约为20万。
面对铁证如山的犯罪事实，当年日本高层一些人虽然也承认在南京有过“暴行”，却将其淡化并推卸责任。南京大屠杀时任“华中方面军”司令官的松井石根大将在远东国际军事法庭受审时推说，攻城时他卧病在苏州，12月17日才到南京参加“入城式”。松井石根还假装慈悲地称，入城时才知道有杀戮和强奸行为，曾难过得流着眼泪召集各师团长说：“皇军的威望因士兵们的暴行而败坏殆尽。”法庭质问松井为何不制止时，他回答说派出过二十几个宪兵维持军纪，这明显是诡辩，同时也是把责任推给“士兵”。
