邓卓棣刚出生就被送回邓小平身边，他几乎每年夏天都要和邓小平一起去北戴河避暑。1992年，邓小平南巡时也带着年仅7岁的邓卓棣，他可能是那个历史.性.时刻最低龄的见证者。
2003年9月，邓卓棣开始读北京大学法律系，他的祖母卓琳与父亲邓质方均是北京大学物理系毕业。
2013年5月3日，邓卓棣被报道担任广西百色市平果县副县长，负责发展改革、物价、政府法制、农业农村、扶贫和重大项目等方面工作。媒体报道称：当地干部介绍，邓卓棣给人们留下的印象是知识渊博、能力突出，但为人低调、谦虚谨慎、勤奋好学，从不接受记者采访。
2014年2月，邓卓棣获补选为平果县党代表。同年5月，据当地媒体报道，邓卓棣以平果县新安镇党委书记身份参加活动。
2014年5月15日，百色市委机关报《右江日报》一则题为《平果新安镇领导“换位沉底”听民声》的报道中，邓卓棣以新安镇党委书记的身份见报。
报道称，该镇党政“一把手”按照市委、县委的要求，带领全镇领导干部到各村党支部、贫困屯担任3——5天的“一把手”。邓卓棣在三合村龙怀屯担任“屯长”3天后感叹说：“以前我以为屯长没什么事干，当了几天才知道基层的苦、群众的难。······只要领导干部能坚持进行换位思考，用心来感同身受群众的疾苦，其实很多要求就不会难以做到，问题就不会无法解决。”
