中国控制了南海相当于卡住了日本的喉咙
一旦如此，就相当于中国控制了南海，掌控了航道，日本贸易航线基本都要通过南海，这相当于卡住了日本的喉咙。日本当然不想受制于中国，所以很着急。
二、日本希望南海热点持续，这样有利于日本推动修宪。
日本原本的计划是，要借与美国军舰一起巡航南海的机会换取美国支持日本修宪。现如今日本修宪还未完成，南海就快熄火了，这和安倍政府的战略计划完全相悖。所以，日本看到中菲关系改善很着急。
南海热点散去，中国将会有更多精力施压日本
三、南海热点散去，中国将会有更多精力施压日本。
在中国周边，南海是过去几年最重要的热点麻烦之一，另外还有东海与朝鲜半岛，2016年又有了一个台海。不过，无论是朝鲜半岛还是台海，暂时还都不至于完全激化，此时如果南海热点散去，中国将很可能向日本施加更大的战略和军事压力，这对日本来说可不是什么好消息。所以，日本一定对中菲关系改善忧心忡忡。
四、日本担心美国遏制中国能力被削弱。
菲律宾不配合美国，美国原来在南海挑衅中国的计划基本等于废了。在南海没了着力点，美国根本无法遏制中国“21世纪海上丝绸之路”战略的推进，在西太平洋哪怕建立美日韩联盟，最终也没办法在第一岛链对中国完成合围，只能在东北亚与中国较量。
