1992年，刘源接到中央命令，出任中国人民解放军武装警察部队水电指挥部政委。这个工作变动也似与邓小平有关。刘源在纪念杨尚昆一文中提到，“1991年，杨爸爸主动对我说，小平叔叔几次讲过军队与地方的干部要互相交流。当时，我并没有意识到什么。不久，中央调我到武警水电部队。”
走之前，刘源完成了两件心事：一是在他父亲逝世的地方——开封市北土街10号的一所旧银行宅院，立上一块大理石纪念碑，由当时担任国家主席的杨尚昆亲笔题写了“刘少奇主席逝世处”的碑铭；二是联络当年和他一起在山西插队的20多名知青和部分企业家，捐资80万，在村里建立了一所希望小学，王光美亲笔题写了富有深意的“雁杰小学”的校名。
刘源1992年被授予少将警衔，八年后晋升中将警衔。2003年任中国人民解放军总后勤部副政委，中将军衔。2005年任军事科学院政委。2009年7月20日晋升上将军衔。2011年1月19日任解放军总后勤部政委。
多年来，刘源写了大量关于刘少奇的文章，很多都是试图解答少年时代的困惑：这些难以置信的事件，究竟是怎样发生的？在《我的父亲刘少奇》中，刘源说，在中国现代史中，有说不尽的毛泽东，就有说不完的刘少奇。他将两人共同演出的历史大戏归结为三幕：第一幕是“政治大革命”，即共产党夺取政权，改造社会，毛刘亲密无间。第二幕是“经济大革命”，即大跃进，毛刘分歧。第三幕是“文化大革命”，毛刘分裂，革命一败涂地。
刘源认为，毛泽东的悲剧，缘于不能纠正错误；刘少奇的悲剧，来自不怕坚持真理。这一幕，随毛刘共同的大悲剧而告终。刘源也整理了父亲的错误：他一生中最大的错误有两件，都是经长期逐渐积累造成的。第一件，就是“大跃进”以及之后三年的调整不力。第二件，就是“文化大革命”。他从一开始就“很不理解，很不认真，很不得力”，很快又开始抵制，但收效甚微。
刘源认为，刘少奇为他的错误付出了生命的代价。“被自己塑造的神坛轧死，其痛苦远远超出任何自我批判和自我否定。为此，人民和历史可以原谅他了。”
