对刚看过电影《湄公河大案》的观众来说，该片将泰国作为幕后黑手来进行描绘，相应的反派人物甚至从头到尾都没有出现。但结合片头“泰国新上任的第七军区副司令”“破获”中国特大贩毒案的戏中戏来看，是在暗示两者之间具有某种紧密联系。这也是一种自案件爆发以来，外界一直存在的疑惑。
事实上，自案件发生后，泰国方面就始终难以摆脱相关嫌疑。据曾参与办案的消息人士介绍，当时与中方协作的泰方势力竟呈现出军、警、水警三方独立的局面来。即便案件发生后有包括一名校官、一名尉官在内的泰军人员前往“自首”，但并不承认谋杀和抛尸两项罪名。在初步审讯以后，他们早已回到军营。
有资料显示，自案件发生后，泰国方面始终呈现出一种“消极侦办”的态度。尽管泰国警方通力协作，但泰军并未表现出立场，使得警方难以取得足够的人证、物证。更有甚者，泰方还在案件发生后称此案系“缅甸佤邦”人员所为。一名据称为泰军不法军人及糯康团伙牵线的泰国要犯沃兰（又称甲穆拉，或糯颂蓬潘）也至今未能逮捕归案。
泰国媒体已经指出，军方扶植的泰国总理，前泰军将官巴育竟认为《湄公河行动》的内容有损泰国国家形象，已责令相关部门审查电影内容，甚至不排除禁映该片。鉴于泰国虽参与中老缅泰四国执法，但在泰国河段却拒绝其他三国协作，这也让自2011年以来外界对泰方的疑虑又加强了。
