1992年2月，尼共（团结中心）决定开展大规模的群众运动，并成立了中央行动委员会，联合其他民主党派成功地领导了当年4月6日及5月3口发生的全国规模的大罢工。罢工遭到了政府军的血腥镇压，16人死亡，几十人受伤或致残。在罢工中，共产党组织开始分化，尼泊尔共产党（联合马列）公开支持政府的主张，反对尼共（团结中心）。而尼共（团结中心）也感到，单靠城市斗争而不发动农村的群众运动，不开展持久的人民战争，就不能实现人民的愿望，也不能将斗争引向正确的方向。
但是，尼共（团结中心）成立后不久，内部也开始分化，在革命道路的问题上形成了两派！“四大”派倾向于非暴力不合作的和平道路，而毛主义派则主张使用暴力来恢复民主。经过两年半激烈的党内斗争，1994年5月，“四大”派被毛主义派清除出党，后急速衰落。1995年3月，尼共（团结中心）召开了具有历史性意义的大会，决定开展符合尼泊尔国情的人民战争，走农村包围城市的武装斗争道路。
其后经过一年的准备，以普拉昌达为首的主流派打出尼共（毛主义）的旗号，于1996年2月13日宣布开展“人民战争”，即以秘鲁的“光辉道路”游击队为榜样，先夺取全国政权，推翻君主立宪制，建立新民主主义国家。接着，他们进人山地和丛林，开始军事训练。
尼共（毛主义）在形成过程中，还有一支力量，即尼泊尔联合人民阵线（United People’s Front，简称UPF）。该党在1991年曾是尼泊尔国内的第三大政党，但在90年代也经历了多次分裂。1994年，巴布拉穆•巴特拉伊（Baburam Bhattarai）博士带领UPF中的少数人，参加了当年举行的议会选举，结果惨败，未能赢得一个席位。
1996年2月4日，巴特拉伊以联合人民阵线中央委员会主席的身份，向当时的谢尔•巴哈杜尔•德乌帕首相提出了有关“民族主义、民主与民生”的40点要求，要求首相在两月内给予答复。首相办公室同意39条要求，但拒绝接受废除君主制建立共和政体的要求。巴特拉伊没等两个星期的期限结束，就决定加入已开展地下活动的尼共（毛主义）。2月13日，他和普拉昌达共举义旗，联合宣布发动持久的“人民战争”，尼泊尔内战从此爆发。目前，巴特拉伊博士是尼共（毛主义）党内的二号人物，任尼共（毛主义）中央委员会政治局常委、联合人民革命委员会召集人。
尼泊尔共产党（毛主义）下文简称尼共（毛）在2008年4月制宪会议选举中获得了压倒性的胜利，席卷了601个代表席位中的将近一半议席，铁定成为第一大党并获权组阁。虽然在财政支持和选举经验方面占尽优势，尼泊尔大会党以及尼共（联合马列）等主流政党仍溃不成军。尽管目前美国和印度尚未摘掉安在尼共（毛）头上的“恐怖主义组织”的帽子，但是由于尼共（毛）是通过和平合法的民主选举程序上台，因此一直标榜是“世界上最大的两个民主政体”的美印两国也没有任何正当理由拒绝承认尼共（毛）成为合法政治力量、主导尼泊尔政局的现实。
