“水门”祸及CIA
联邦调查局和中情局间的微妙关系在“水门事件”中也得到凸显。1972年6月，“水门事件”发生，尼克松试图阻止FBI对该事件进行深入调查，但遭到拒绝。这时紧张气氛也笼罩着中情局，因为白宫顾问约翰·迪安告诉中情局副局长，闯入水门大厦的人中，多数与中情局有瓜葛。为脱开干系，中情局局长赫尔姆斯指示招待处长科尔比不要主动说什么，无论在法律上还是道德上，中情局都没义务向FBI提供这类情报。这时胡佛已经去世，FBI代理局长格雷直接找上门，询问闯入水门是否是中情局的某项行动计划。赫尔姆斯自然一概否认。
美国前总统尼克松
尼克松方面得知FBI怀疑中情局后，建议借助中情局的力量，用“国家安全”的名义去阻止FBI。赫尔姆斯不想违背白宫指示，又不愿承担责任，于是告诉副手，提醒格雷注意两局达成的分工协议，根据协议，如果调查涉及中情局的人，请他们打个招呼。FBI不久便表示不能继续信守协议，除非对方正式发函，但赫尔姆斯不愿意留下白纸黑字的证据。于是格雷直接打电话到白宫：“总统先生……您的下属正在利用中情局和联邦调查局，并在中情局对联邦调查局想调查的人表示关切或不关切问题上制造混乱。”尼克松沉默片刻后说：“你继续大胆地进行调查吧。”
后来“水门事件”真相大白，尼克松下台，中情局被指为成为一党一人的工具。那时的赫尔姆斯已是驻伊朗大使，他不断飞回华盛顿作证。他不承认有罪，并信守不透露中情局秘密的誓言，被称为“守口如瓶的人”。1977年11月4日，他被指控犯有伪证罪而判处缓期徒刑两年，罚款2000美元。这对他来说无疑是一种羞辱。
