由于新加坡岛屿本身就是马来半岛的延伸，这种结合在地缘关系上无疑是合理的。但在民族构成上，华人为主的新加坡，却与马来民族占主体的联邦其他部分截然不同。这种民族、文化上的差异，使二者之间不可避免的产生矛盾。而当时的国际环境，更加重了二者之间的隔阂。
60年代的东南亚，国际共运如火如荼。由红色中国发动的输出革命，对东南亚本土政权造成严重威胁，位于马六甲海峡两岸的马来亚和印度尼西亚，均被这场革命深度波及。
由于同文同种的关系，东南亚的红色革命，大多以当地华人为主力。这使得这场基于地缘政治和意识形态引发的冲突，又不可避免的带上民族色彩。
新加坡乍看起来和中国没啥区别
这对新加坡人来说当然不是个好事。本来，新加坡地处马来亚和印度尼西亚的夹缝之中，本身又是个弹丸之地，根本不是这两国的对手；再加上新加坡本身是贸易枢纽，深受西方文化影响，对中国的红色意识形态其并无太大兴趣。基于这两点，新加坡完全没有参加红色革命的动机。
但当这场意识形态革命变成华人与马来人的民族冲突后，新加坡华人的处境便尴尬起来。如果中国的实力真的够强，能荡平东南亚倒也罢了。但当时的中国空有输出革命之能，却无掌控局势之力，这样的局面下，新加坡不可避免要遭受池鱼之殃。
新加坡扼守重要水道
在华人普遍受排挤的背景下，新加坡于1965年被赶出马来亚联邦。这是新加坡历史上最戏剧性的时刻。与世界上其他国家建立时的欢天喜地截然不同，留在新加坡人脑海中的建国记忆，是李光耀痛哭流涕的走出马来亚议会大楼。这种带有浓厚悲剧色彩的建国史，正是当时新加坡窘迫处境的真实写照。
如果从表面上看，马来西亚此举有些不合情理。毕竟新加坡虽小，战略位置却极为重要，20世纪60年代的马来西亚政治精英，不可能不明白抛弃此地，对自己是多大的损失。
不过结合时代背景，马来西亚此举应另有深意。鉴于新加坡为华人主导，对马来民族占主体的马来西亚而言，对其整合无疑十分困难。加上信奉伊斯兰教的马来族有强烈排外意识；而建国初期华人在马来亚联邦中的人口比例已达四成，并控制国家经济，影响力远胜于马来族土著；再考虑到马来亚联邦的西式民主选举制度，如果新加坡继续呆在马来亚联邦中，该国很可能成为华人执政的国家——这是马来族不能接受的。
