到了1999年3月，中菲关于在南海建立信任措施工作小组首次会议在马尼拉举行。这之后，双方又举行多次磋商，同意保持克制，不采取可能导致事态扩大化的行动。
此后先后任职外交部亚洲司司长，驻澳大利亚大使以及最为人所知的驻英大使之后，傅莹于2009年履新外交部副部长，主管亚洲地区、边界与海洋事务和翻译室。
在2012年黄岩岛争端中，“老朋友”傅莹也对菲律宾发出了严厉的声音，5月7日，在菲方挑衅达到高潮时，她紧急约见菲律宾驻华使馆临时代办，就围绕黄岩岛海域出现的紧张局势提出严正交涉。
傅莹当时表示，菲律宾不断发表错误言论，误导国内和国际公众，煽动民众情绪，鉴于菲方不断挑衅，中方公务船将继续对黄岩岛海域保持警戒，“中方也做好了应对菲方扩大事态的各种准备”。
在此之前，她于多个场合针对黄岩岛事件表明了不接受周边小国肆意侵犯和挑衅的坚定立场，指出黄岩岛是中国固有领土，菲方对黄岩岛的权利要求没有任何依据，中方不能接受。
此后，中国与菲律宾在马尼拉重启协商。
