1996年人民解放军大规模军演，两岸剑拔弩张、战争似乎一触即发。而刘连昆则在演习开始前的3个月就将相关情报交给了台湾军情局，包括了此次演习的主要课目以及军事行动的底线。在得到准确情报后，台湾一方面在军事上采取针对性的防御措施，并在新闻媒体上大肆炒作大陆“军事威胁”；另一方面又将这些情报转送给美国，请求美国军事介入台海局势。
频频被对手占了先机，已经让大陆方面感到内部有人泄密，加之泄露的情报密级很高，这就更加缩小了排查的范围。经过数年的坚苦努力，大陆反间谍机关终于将目标锁定在刘连昆和邵正宗身上。1999年3月，大陆反间谍机关统一行动，将刘连昆、邵正宗等涉案人员全部抓获，台湾方面在发现和刘、邵等人失去联系后，还冒险派出秘密交通员杨铭中进入大陆察看动静，但很快也被抓获。
经审讯，刘连昆、邵正宗对自己的犯罪事实供认不讳，后被军事法院判处死刑、剥夺政治权利终身，1999年8月两人被执行死刑，其余涉案人员也受到了法律的严惩。此后台湾方面逐渐减少了专业情报人员前往大陆地区的行动次数，并开会检讨刘连昆案；而大陆方面为了吸取教训，经中央军委主要领导批准，于1999年4月28日召开了“全军隐蔽斗争工作会议”，并摄制下发了“隐蔽斗争专题教育宣传片”，要求全军各级领导机关要采取严密措施，把反渗透、反策反、反窃密工作做深、做细、做实、做到位，确保首脑机关、要害部位和核心机密的安全。
