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东南亚各国海军中，印尼最早拥有潜艇。建国初期，印尼就从苏联进口了12艘W型潜艇，建立了一支规模可观的部队。但上世纪中期以来，这些潜艇逐渐老化、退役，数量迅速下降。在此期间，印尼曾多次试图外购高性能潜艇，以维持潜艇部队规模和作战能力，但均因为经济原因无疾而终。
印尼海军舰艇
印尼海军拥有两艘查克拉级“柴-电”潜艇（德制209/1300型），20世纪70年代末由德国基尔的霍瓦兹·德意志造船厂（HDW）建造，1981年服役，服役已超过30年，其水下排水量1390吨，单壳体，单桨推进，水上航速11节，水下最高航速21.5节，装8具533毫米鱼雷管（载SUT鱼雷14枚），成员33人。该级艇经过多次现代化改装，2004-2006年赴韩国进行大规模改装，据说已具备发射潜射导弹的能力。同时，印尼海军十分重视潜艇人才的培养。在接收209型潜艇时，他们便派出了60余名预备艇员前往德国受训。
印尼水面舰艇目前以护卫舰和轻型护卫舰为主。护卫舰大多为二手舰只，主要是6艘亚尼级，原为荷兰皇家海军上世纪60年代中期服役的范·斯佩克级，总服役年限近半个世纪。该级舰经过多次改装，1986年加入印尼海军。其满载排水量为2835吨，装8枚“鱼叉”导弹，2座“西北风”防空导弹发射架，1座“奥托·梅莱拉”76毫米炮，2座三联装324毫米Mk32鱼雷发射管，可搭载1架NBO-105C直升机。
还有1艘2000吨的沙马迪坤级，原为美制克劳德·琼斯级，只装备火炮和鱼雷，于1959年服役。
