后续建造的BII型外形和BI基本没有区别，但在内部设备上有了诸多改进，特别是其水声(对抗)系统和武器系统和当时已经技术成熟的093型核潜艇基本相同，艇载作战指挥系统也是093型使用的简化版。目前BI型和BII型已经至少服役8艘，2014年，一艘BII艇还接待了美海军部长格林纳特。
039BIII型(或者叫039C)首艇于2014年年初曝光，围壳外形有明显改变，其根部的圆滑填角设计有点类似德国212型潜艇但没那么极端。这种设计有助于降低水下高速航行的噪音性能，不过除非航速确实高，否则类似212型那样过于极端的做法除了给建造工艺造成麻烦之外，实际效费比并不高。039A/B型是除了032型试验潜艇之外，中国海军排水量最大的常规潜艇。其水面排水量2650吨，水下排水量将近4000吨。
其水滴形艇体和肩部鱼雷发射管布局为艇艏半球形声呐基阵留下充足的空间。另外其艇体下部还安装了舷侧线列阵声呐，其整体探测性能在中国海军常规潜艇中首屈一指。039A/B型的6个鱼雷发射管可以发射鱼-6系列重型线导两用鱼雷(改进型具备尾流自导修正模式)，也能兼容较老的鱼-4B主被动声自导反舰鱼雷，和039型一样可以使用鹰击-82/84型潜射反舰导弹。
艇上装备了自动雷/弹装填装置，可以根据情况选择高中低三档装填速度(慢档装填时噪音更低)。目前4艘039A和前4艘039B均装备在东海舰队某作训水平公认全军数一数二的潜艇支队，明显是针对越来越紧张的东海局势。加上兄弟支队的8艘"基洛"级877/636型常规潜艇，东海舰队的16艘常规潜艇全部为三代艇(之前装备的039型已经移交给其他舰队用于替代035型)，水下舰队战斗力极强。
后续的039B则正在替换北海舰队部分仍在服役的035G型潜艇。按照一年服役2艘左右的速度，很快全海军第二个"纯'元'支队"就将出现，使中国海军AIP潜艇的数量达到20艘(包括改装的4艘035G)。近些年来，常规潜艇部队的换装速度，实际要比看似更加红红火火的水面舰艇部队还要快。
随着039B的不断建造服役，对面"苍龙"的数量也越来越多。所以很多人都曾设想，039A/B型和"苍龙"在东海乃至西太平洋的水下数百米深处，上演一出出宛如歼-10大战F-2的"水下格斗"场景。但在实战中，由于潜艇的机动能力、战场感知能力等种种限制，这种情况发生的概率并不大。
