草案二审稿规定，本法所称境外非政府组织，是指在境外成立的非营利、非政府的社会组织。一些常委会组成人员、部门和社会公众提出，草案规定的境外非政府组织的概念较为宽泛，建议进一步明确本法的调整范围；境内外学校、医院等机构之间正常的学术交流与合作可不纳入本法调整，继续按照国家现行有关规定办理。
为此，草案三审稿将规定修改为：本法所称境外非政府组织，是指在境外合法成立的基金会、社会团体、智库机构等非营利、非政府的社会组织。同时在附则中增加规定：境外学校、医院、自然科学和工程技术的研究机构或者学术机构与境内学校、医院、自然科学和工程技术的研究机构或者学术机构开展交流合作，按照国家有关规定办理。
此外，由于我国制定这部法律旨在调整境外非政府组织在我国境内开展的活动，草案三审稿将法律名称从“境外非政府组织管理法”修改为“境外非政府组织境内活动管理法”。
亮点二：删除三条“限制”规定
草案三审稿对境外非政府组织在我国境内设立代表机构、驻在期限、招募志愿者和聘用工作人员等方面的规定作出修改，删除了草案二审稿的“限制”内容。对于合法、友好的境外非政府组织，这些改变将为其在我国境内开展活动提供更多便利。
草案二审稿规定，境外非政府组织只能在中国境内设立一个代表机构。一些常委会委员、地方和社会公众提出，境外非政府组织代表机构开展活动的项目可能分布在若干地方，规定只能设立一个代表机构，不便于其开展活动。草案三审稿删除了相关规定，并增加规定指出，境外非政府组织可以根据业务范围、活动地域和开展活动的需要申请设立代表机构。至于设立代表机构的地域、数量，可由登记管理机关根据具体情况审核。
