2020年初，新冠疫情暴发。当年3月，中医药治疗新冠肺炎筛选出的有效药物“三药三方”中，就包括连花清瘟。4月，国家药监局正式批复连花清瘟胶囊与连花清瘟颗粒“新冠肺炎适应症申请”，用于轻型、普通型新冠引起的发热、咳嗽、乏力。国家卫健委与国家中医药管理局发布的第四版《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》中，第一次出现连花清瘟，且此后的第五至第八版方案中，该药品一直在列。
得到官方推荐后，以岭药业随即调整了生产线，石家庄和北京两个生产基地生产线全部用来生产连花清瘟产品。此外，石家庄生产基地计划新引进三条颗粒剂生产线，后续计划在衡水建设生产基地。
今年3月15日，《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第九版）》发布，处于医学观察期，或临床治疗期（确诊病例）的轻型和普通型病人，推荐服用连花清瘟胶囊（颗粒）作为治疗药物。该公司随即公告，公司预计该文件的发布将对连花清瘟产品的市场推广产生积极影响。
靠着连花清瘟，以岭药业业绩、股价双双上扬，其创始人吴以岭身价大增。《2020胡润全球富豪榜》上，71岁的吴以岭以210亿元财富，排名第251位，稳居石家庄的首富。
院士们的论文
2020年5月初，中国工程院院士钟南山为美国、俄罗斯等疫情高发地区的留学生答疑解惑。他提到，自己刚刚做完一个试验，结果很快就要发表了，第一次在世界上用非常充足的证据证实连花清瘟有效，能帮助病人恢复。钟南山说：“进行试验后，我有底气、有证据来说，连花清瘟真的有效。”
随后，2020年5月16日，《植物医学》（Phytomedicine）杂志发表了一项有关连花清瘟的非双盲多中心随机对照临床试验结果：连花清瘟胶囊联合常规治疗可以显著缩短新冠患者的康复时间，有效缓解临床症状。
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