2009年，孙政才卸任农业部长，出任吉林省委书记。在主政这个农业大省期间，孙政才提出建设“五大一强”的发展战略，即把吉林建成粮食、牧业、林业、北方特产业、农产品加工业大省和农村经济强省。
在孙政才的规划中，作为主要粮食主产区，吉林要加快构建现代农业产业、基础保障、科技创新、制度支撑“四个体系”，着力推进传统农业向现代农业、主要依靠物质投入向科技支撑、靠天吃饭向提高物质装备技术水平、分散经营向产业化经营和合作经营等方面的转变，真正实现农业的又好又快发展。
经过在吉林省的历练，孙政才迎来事业的高峰，2012年，他从东北来到西南，出任重庆市市委书记，并顺理成章地进入中央政治局。
众所周知，由于“薄、王”问题，这个直辖市一度备受关注，在很长一段时期成为全国舆论焦点。孙政才初到重庆讲话时称，中共中央决定他到重庆工作，能为推动重庆改革发展造福各族人民尽一份力量，他感到非常光荣。
他有做好工作的坚定信心，同时深感担子很重责任很大。孙政才进一步表示，他一定常修为政之德、常怀亲民之心、常立奋进之志、常存敬畏之念，做到政治坚定、工作勤奋、作风务实、生活简朴、严谨自律。
主政重庆期间，孙政才行事低调，极少接受采访，即使每年两会期间，孙政才也很少在媒体上露面。
但中央巡视组两次巡视让山城以及孙政才再次进入舆论视野，甚至一度成为焦点。
2013年5月29日至7月29日，中央第五巡视组对重庆市进行了巡视。
巡视组组长徐光春指出，巡视中干部群众反映了一些问题，主要是：在党风廉政建设和反腐败斗争方面，对一把手管理监督不到位，个别领导干部信念动摇、思想滑坡、道德失范，国有企业存在腐败隐患，“苍蝇”式腐败问题比较突出；在贯彻落实中央八项规定和作风建设方面，“四风”问题仍然存在，顶风违纪案件还有发生；在干部选拔任用方面，选人用人的一些习惯做法不当，干部选拔任用工作不规范，队伍建设需进一步加强、素质要进一步提高。
对此，孙政才表示，中央巡视组指出的问题和提出的意见建议，非常中肯、深刻，指导性、针对性都很强。
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