2016年11月发布的第44号总统政策指令中允许非传统的联邦部门或机构充当主要领导联邦机构来应对独特的威胁（例如大流行性流感），但是它没有提供有效引导联邦政府应对措施协调的必要机制或程序。具体点来说，第44号总统政策指令并不包括授权非传统的牵头联邦机构（例如HHS）在应对独特威胁时执行任务分配，资助或以其他方式分配给其他联邦部门和机构的机制。
其次，1932年颁布的《经济法》虽然授权了HHS向其他联邦机构寻求支持（并向其提供报销）来应对生物事件。但是，该法案并未向HHS提供执行其程序所需的必要机制（或偿还支持联邦部门和机构的资金）以及作为应对流感大流行的主要联邦机构的角色和责任。
最后，根据《公共卫生服务法》，该法案虽然授权了美国卫生和公共健康部长可以通过“促进联邦，州和地方实体之间的协调”来领导联邦公共卫生和医疗部门应对突发或潜在的公共卫生事件。但是，这一授权没有为HHS提供必要的权限或机制（例如获得资金）来执行任务和协调其他联邦部门和机构。
另外，美国在2019年颁布的《2019年大流行和所有危害防范和推进创新法》中也要求了HHS仅在其现有权限内进行工作。而最为复杂的是，现有的法定主管部门在本土事件应由哪个联邦部门或机构承担领导或支持作用方面，提供的是相互矛盾的指导。具体一点，2003年2月份颁布的国土安全部总统令-5中明文指定了国土安全部部长为牵头的联邦机构和协调联邦行动的领导机构。但这与第44号总统政策指令中允许非传统的联邦部门或机构充当主要领导来应对威胁的指令发生了冲突。
2、在资金方面
当前，没有足够的资金来源指定给联邦政府用于应对严重的流感大流行。并且，目前尚不清楚各州是否以及如何重新利用HHS和CDC的赠款以及其他联邦资金来支持应对未知的大流行性流感。
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