8月,工兵团奉命再次攻打长沙,王耀南再次被任命为连长。此时工兵队仅剩下一个连队。红一方面军参谋长命令王耀南率工兵炸开长沙浏阳城门外铁丝网和鹿寨。但是他们不知道铁丝网上有高压电,指导员杨明触电身亡,其他战士为了抢救指导员全部牺牲。王耀南仔细研究爆破电网方法,排除爆破组炸开电网,红军屡攻长沙不克,退出战斗。王耀南身负重伤,在小河村修养。但是他的伤还未痊愈,就奉命率队于11月2日前在罗坊架通浮桥,接应红三军团南渡袁水。经勘查,王耀南认为短时间内修补严重腐朽的木码头太困难,提出了修石码头的建议,他带领工兵奋战两昼夜,建成了石码头,架通了浮桥。
此后王耀南参加了5次反“围剿”,第3次反“围剿”结束后,王耀南于1932年1月率工兵连参加赣州战役。根据陈毅的指示,王耀南负责指挥工兵连挖掘10余条坑道。第1次坑道爆破时,因观察爆破效果后才发起进攻而贻误了战机;第2次爆破时,红二师不肯将部队撤出危险区,担心再次贻误战机。红五团团长叶长庚命令敢死队向城墙前运动,王耀南向三军团首长解释不能这么做,但是总部命令:工兵必须按时起爆,否则以违反战场纪律论处。第一炸点起爆,敢死队员全部牺牲。第二炸点起爆,为工兵担任掩护的莫文骅连队阵亡70%。王耀南奉命组织挖掘坑道,敌方工兵利用坑道与我工兵对抗。敌主力一部利用坑道从赣州城里出击,袭击红一指挥部,俘虏师长侯忠英。红一师腹部受敌,仓促撤出阵地。但是未及时通知在坑道中作业的工兵。王耀南等在坑道里死守,坚决不做俘虏,直到红十五军组织反击,将敌人赶进赣州城,才将坑道中负伤的王耀南等救出。此次战役中,王耀南深深地体会到,工兵在坑道作业时必须携带武器,坑道光能防不能打是不行的。坑道内必须挖掘战斗交通道,以防不测。王耀南就是这样在战争中学习战争。
长征路上架桥王
1934年,王耀南率工兵营奉命从石城前线经三角地急行军,于12日按时赶到了于都河边。周恩来亲任总指挥,征集杉杆、门板和船只等驾桥材料。王耀南对架桥点、河川情况进行实地勘察,挑选了10个架桥点,决定在花桥、潭头圩、赖宫庙、大坪心、峡山圩架5座桥。在深水区的王耀南指挥战士用民船做桥脚,杉杆当桥桁,铺上门板结构呈浮桥。刚开始架桥的时候,因为河面太宽,指挥船进入桥轴线很难,特别是夜间作业,河水声音大,指挥员的口令听不清,旗语看不见。于是王耀南想出了一个主意,在每个船上挂一盏马灯,这样就解决了船偏离的问题,加快了架桥速度。他们在浅水区打木桩做桥脚,虽然征集了不少的架桥材料,但是仍然不够。苏维埃政府和当地老乡大力支援。一位曹大爷献出了自己的寿材做了桥板。17日,王耀南接到了命令,红四团到达后立刻过桥,不得延误,其他各部必须让路。不久,耿彪带领的红四军团赶到渡口,迅速过桥。王耀南等人奉命在桥头进行宣传和保障工作。
10月18日,毛泽东从王耀南所带领的工兵营建设的桥上过河,中央红军开始二万五千里长征。