1947年，印巴分治时，克什米尔的玛哈拉贾（君主）哈利·辛格不希望加入任何一方。他试图让克什米尔保持独立。他声称希望让克什米尔成为另一个“瑞士”英国撤军以后，一支由亲巴基斯坦的普什图族部落和巴基斯坦士兵组成的军队从巴基斯坦西北边省出发，进驻克什米尔。辛格逃往印度，要求印度出兵协助进攻克什米尔。应印度政府的要求，辛格在10月27日与印度政府签订条约，宣布包括查谟、克什米尔、北部地区（现由巴基斯坦控制）、喀喇昆仑走廊（现由中华人民共和国控制）、阿克赛钦（现由中华人民共和国控制）在内的整个克什米尔地区并入印度自治领。随后，印度出兵克什米尔，击退了巴基斯坦军对克什米尔首都斯利那加的围攻。印、巴双方在克什米尔发生大规模的武装冲突，史称克什米尔战争。
1948年1月，联合国安理会设立了印、巴问题委员会，建议停火，然后举行公民投票。1949年1月1日起停火开始生效。同年7月，两国代表在卡拉奇达成协议，确定了停火线，由联合国驻印、巴军事观察小组监督停火，但公民投票未能进行。根据停火线，印度占3/5土地和3/4人口，巴基斯坦占其余部分。印度在其控制区内成立了邦政府，巴基斯坦在其控制区内成立了自由克什米尔政府。这场战争使克什米尔事实上丧失了独立。
1965年9月和1971年11月，印度和巴基斯坦在克什米尔爆发两次战争。
