WTO的纷争解决机制与审判制度相似，采用二审制。首先起诉至WTO的国家邀请对方国家进行双边磋商。
如果在60天内无法解决问题，则可以要求设置相当于一审的争端处理小委员会（专家组）。之后，专家组将发布相当于判决的报告，任何一方对结果不服的情况下，可以上诉至相当于终审的高级委员会。
但是，如果高级委员会的机能陷入瘫痪，在一审中败诉的一方即使上诉，纷争也无法得到解决。被美国征收高关税的国家相继向WTO起诉美国。一位贸易相关人士表示，“美国的想法是，如果纷争解决机能无法发挥作用，无论其他国家怎么上诉，对美国来说也无关痛痒”。
在发达国家与发展中国家矛盾尖锐对立的情况下，如果WTO为了留住美国，简单地满足美国要求而忽视发展中国家利益，那么该组织的改革前景并不乐观。
