届时，日本航母可与其他驱逐舰、护卫舰、潜艇组成编队，以改造后的航母为旗舰，以“爱宕”级或“金刚”级宙斯盾舰的大型相控阵雷达负责远距离高空预警，以预警直升机负责低空预警，引导F-35B实施舰队防空或对地打击。这样可以对未装备隐形战机的二流对手形成较大压力。
第二种作战模式是在航空自卫队的协助下应对日本周边复杂事态。例如在所谓“西南有事”时，日本的航母编队可以在航空自卫队的预警机等支援保障力量的配合下，进行牵制作战，以配合空中自卫队。通过联合空中自卫队的力量，可针对较强对手进行一定强度下的作战。
第三种方式则是在远离本土的情况下，与美国海军联合应对强大对手。这种情况下，日本海自只能寄希望于与美国海军进行联合作战。因为远离本土情况下，日本海自的后勤、情报保障力量均显不足，在对手远程反舰能力较强、拥有隐形机和核潜艇的情况下，海自舰队孤掌难鸣。
实际上，近年来日本海上自卫队频频与美海军进行联合演习。未来美日还可能进行F-35B互降演练。目前，美国海军陆战队在日本部署有一个中队的F-35B，如果“加贺”号完成改装，美海军陆战队F-35B可以降落日本航母，增加日方人员保障经验。而待日本引进F-35B后，也可以降落在美国两栖攻击舰上，熟悉操作技能。
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