第三个生化病毒爆发事件是西尼罗河病毒爆发。1999年8月份，美国最大的城市动物园-纽约布朗克斯动物园的鸟类爆发大规模疫情，导致鸟类大面积死亡。
接着该动物园附近的纽约和长岛地区居民也开始大面积感染神秘病毒，病毒通过蚊子和鸟类在美国43个州四处蔓延，截至2003年这种病毒感染人数超过5000，致400人死亡。最终确认感染动物园鸟类和导致人类脑膜炎死亡的是同一种病毒--西尼罗河病毒。
它主要通过蚊子这种昆虫传播。疫情爆发以后，《纽约客》开始造谣说这种病毒是伊拉克生化武器的一部分，并称病毒是由外国乘客乘坐飞机通过肯尼迪国际机场带入美国境内。这种说法显然是荒唐的。
首先，1999年被感染的人中没有一个是从国外回来的，西尼罗河病毒首先爆发于乌干达地区，它与美国远隔万里，那里的蚊子有可能飘洋过海从乌干达穿越非洲飞跃大西洋进入美国东部吗？要知道人类横渡大西洋需要30天，从乌干达到美国距离更是横穿距离的两倍，寿命最高的雌性蚊子寿命也只有30天，请问不吃不喝的蚊子如何跑完这趟马拉松？
