当潜艇在远距离通信时，尤其是执行核威慑的战略导弹核潜艇，就需要使用超长波通信，超长波通信的波长为1万至3万米，其在海水中衰减的相对较小，具备穿透海水的能力，从而使潜艇在下潜状态就能收指挥部发出的电波。此外，在潜艇使用超长波通信时，必须使用强功率发报机，可强功率发报机的信号很容易被敌方发现，敌方可以根据信号测量出潜艇的位置并截获电码并破解。为此，为了保证潜艇使用超长波通信的保密性，潜艇还需要装备一种快速发报设备，这种设备可以在很短的时间内自动发送电码，而远距离的海岸上拥有自动收报的设备，这样岸上的指挥部就可以进行获取超长波信号，随后进行解码，从而获取信息。
值得一提的是，超长波毕竟还是电波，根据超长波发射台的功率大小，以及潜艇的深度和超长波发射台的距离，如果潜艇距离发射台近，深度潜，发射台功率又大，那么接收到的信号就强；如果潜艇距离发射台远，深度深，发射台功率不足，那么信号就弱。因此，即使使用超长波通信，潜艇也会在规定的时间内上浮一定深度来接收信号。
潜艇在水下航行时，还可以使用水声通信。比如，发现了不能确定的水面舰艇或者潜艇，就可以通过通信声纳进行识别。通信声纳也叫敌我识别器，他能发出一个特殊的信号，询问对方。如若是自己人，对方就会收到信号，指示灯亮起。如若不是自己人，对方便收不到信号，即使收到信号，在没有任何相关情报的支持下，也不能发出正确的回答信号。
不过，潜艇与水面舰艇的使用方法不同。潜艇与水面舰艇的协同作战只有两种，一种是潜艇在固定海域巡航，也就是说潜艇只攻击或监视一定范围内的敌方目标；另一种是潜艇与水面舰艇在相同时间上同时攻击。无论是哪种模式，潜艇与水面舰艇之间的通信都是必须在规定的时间内完成。XLW
