“水陆机动团”还缺乏登陆支援火力。突击上陆对联合火力支援要求很高，海上自卫队的47艘主力舰中，只有17艘舰艇装备了21门127毫米舰炮，其中的8艘还是防空型驱逐舰，能直接支援登陆部队的舰炮火力严重不足。而且，海上自卫队与陆上自卫队的通信系统互不兼容，造成岸舰火力协同效能低下。航空自卫队受续航距离和载弹量限制，也难以对登陆部队实施有效的近距离空中支援。两栖作战还要求将大量物资装备持续投送至登陆海岸，必须配置拥有海岸工程作业和秩序管制能力的专业部队。而海岸工程部队的缺失，是自卫队两栖作战的又一重大能力缺陷。
可见，这支尚未完全成型的“水陆机动团”还处在初创期，虽然其装备和训练师承美军，但受制于各种复杂因素的制约，距离真正形成战斗力还有很长的路要走。
值得警惕的是，组建兼有海军陆战队和特种部队性质的“水陆机动团”，在战后日本军事史上尚属首次。“水陆机动团”的正式组建和陆上自卫队“陆上总队”的成立，标志着日本将加速“构建统一机动防卫力量”，彻底改造陆上自卫队的冷战体制。而在新安保法下，“水陆机动团”也将成为陆上自卫队参加美军海外军事行动的抓手，将进一步加深美日的军事一体化，其后续影响不容低估。
