美济岛西南部有两个礁门，南门西水道有37米宽，长275米，水深18米以上，经过航道疏浚大型船只可直接进入潟湖，是南沙罕见的天然大型避风良港。
填海造陆前的美济礁有3个进口可以进入泻湖。这3个出入口均在南部和西南部，大型船只可以在涨潮时通过南部最大的一个出入口进入泻湖。西南门宽92米，长414米，水道深23.8米，水道口有点礁发育，阻碍航道。南门有点礁分布，使水道分为东西两部分，东道狭18米，水深只有1.8米；西道宽37米，长275米，水深18米以上。水道小潮时流速1.3节。环礁东北部比较浅，有水深只有1.8米的礁头分布。
