歼-16D的翼尖处还装有两个巨大的电子情报吊舱，与EA-18“咆哮者”电子攻击机上的装置类似。此外，歼-16D的雷达罩更小，可能包含一个经过改进的“有源电子扫描阵列”雷达，可用于进行电子战，如接收和干扰信号等。
歼-16D将安装巨大的有源电子扫描阵列干扰吊舱，这是对目前歼轰-7A轰炸机上干扰器的一种改进。它的攻击能力将来自鹰击-91和LD-10等反辐射导弹。
报道称，歼-16D将为中国的空中行动提供快速、灵活和远程的电子战和“野鼬鼠”作战平台，该平台能保护歼-10、歼-11、歼-15、歼-20、歼-31、轰-6K等中国的战斗机和轰炸机。
这将是台湾海峡和南海等日益军事化的地区作战行动的一个重要要求。
在作战行动中，歼-16D会先使用干扰器扰乱敌方防空系统的目标和火力控制装置，接着发射对敌人的移动和固定防空系统同样致命的反辐射导弹。作为战斗机，它还能参与空中自卫战，以保护其他飞机免遭敌机攻击。
