039型潜艇在设计初期就注重的自动化、信息化要求，也让039型艇获得了老型号033、035等潜艇难以企及的操纵性能与作战水平。
一批配套的新型综合声呐、噪声测距声呐、侦察声呐、雷达、光电潜望镜，电子对抗，先进通信系统的研制装备，也大大提高了039型艇的观察搜索与情报通联能力。
039型艇的自动化水平较高。舱内众多的显示设备表明039型艇一改中国早期常规型艇分散显示、分散控制的落后指挥控制模式，改为集中显示集中控制形式，大大提高了对目标的侦测、识别、跟踪、攻击等能力。
在武备上039型艇首布置了6具鱼雷发射管。039型艇还装备了两具液压平衡鱼雷发射系统。
