一是歼-11BS的雷达整流罩尖端有空速管，歼-16则已经取消；
二是歼-11BS进气道外侧有雷达告警天线整流罩，歼-16也已取消；
三是歼-11BS翼尖安装的是配装霹雳-8格斗空空导弹的专用阶梯状挂架，歼-16为全新的通用挂架，可挂载霹雳-10；
四是歼-11BS没有空中受油能力，而歼-16在机头左侧安装有伸缩式空中受油管；
五是歼-11BS风挡前部的光电观瞄系统在正中间位置，而歼-16同苏-30MKK一样移到了风挡右侧。此外，还有一个不太明显的差别：由于换装了更为先进的雷达，歼-16的雷达整流罩要比歼-11BS长一些。
