1999年以美国为首的北约对南联盟发起大规模空中打击。F-117也参与其中。南联盟了解到一架F-117连续几天都保持同一出航航路，就通过电子、光学器材侦察以及目视直接观察的有机结合来捕捉F-117的反射信号，在通过合理部署防空火力设伏F-117。
当这架F-117的舱门打开瞬间被南联盟的“维拉”雷达发现，导弹部队获取导弹发射参数后，抓住稍纵即逝的战机将该机击落。F-117号称不可战胜的神话在这场“不对称”的战争中破灭。
最终，F117于2008年退役，一部分F117拆解，一部分被封存起来放在干燥恒温的仓库中。
