检方认为，高嘉骏独自在战情室演练导弹发射操作，并按钮发射导弹，涉嫌业务过失致死、业务过失伤害及过失毁坏武器罪，士官长陈铭修让高独自在战情室操作，兵器长许博为未依规定一次发给5支火线，都涉嫌废弛职务罪，舰长林伯泽无过失。
检方起诉表示，金江舰今年7月1日上午在左营军港，准备执行年度“甲操”测验，导弹中士高嘉骏与射控士官长陈铭修到舰上战情室，演练雄三导弹飞射程序，陈铭修暂时离开之际，高嘉骏仍自行练习，结果误射导弹到澎湖海域击中翔利升渔船，造成船长黄文忠死亡、3名船员受伤。
检方接获报告后，立即指挥宪兵约谈金江舰长林伯泽、兵器长许博为、射控士官长陈铭修及导弹中士高嘉骏，为避免外界质疑，并指挥警方鉴识人员到金江舰及翔利升渔船上仔细采证，深入调查各项疑点。
检方为厘清疑点，与金江舰同为锦江级军舰、负责导弹发射的相关军士官，几乎全数传来作证，甚至连研发的相关人员，检方也详细询问有关发射细节；检方发现，各军舰发射导弹的操作规定并不完全相同，甚至与研发机构的原始手册也有出入，可能因舰上师徒制传承误差所致。
