麦凯恩似乎没有意识到的是B-1漫长生命中的第三幕。在20世纪90年代，它从旨在渗透到苏联领空的核打击飞机改造成用于轰炸基础设施和敌军大型编队的常规轰炸机。在2001年9月11日之后，它经历了再度改造：不仅仅是一种近距离空中支援的飞机，而且无论从哪个方面来看，都是一种取得巨大成功的飞机。
从一些视频中不难看出，这种大型轰炸机在伊拉克和阿富汗的支援行动中发挥了重要作用。
B-1机队的一部分是成本削减措施所针对的目标，使得这种轰炸机成为国会辩论的主题，并且引起了媒体的浓厚兴趣。在阿富汗战争的早期岁月，乔丹·托马斯是驾驶B-1轰炸机的飞行员之一。在“9·11”恐怖袭击发生之前的那个夏季，他正在空军B-1训练学校受训。他回忆说，后来有一次一位国会工作人员问了他一个奇怪的问题。“这位职员以前不知道从哪里听说B-1无法飞越崇山峻岭，如阿富汗境内的那些高山。他问我是否属实。我写信给他说：‘我们可以飞越阿富汗的高山，但是我们为什么要飞去那里呢？”
托马斯与其他B-1飞行员在这些山区和迪戈加西亚之间多次往返。他帮助B-1机组人员发展了未来岁月里必不可少的基本技能——与地面部队协调，精准无比地投掷能够结束战斗的炸弹。“在阿富汗，我们有机会证明B-1能够做什么。”托马斯说。
这种飞机在把塔利班赶下台的战争中起到巨大作用，这为它赢得了赏识，使得B-1机队免遭削减。在“9·11”恐怖袭击之前，时任国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德对B-1持怀疑态度，一直在督促削减该机队。
