为了各种散热需要，机内有很多个热交换器，例如冲压空气／燃料散热器、液压油，燃料散热器、燃料／氮气散热器等。燃料先经过多个散热器，充分发挥其冷却剂功能，才到达高压涡轮泵向发动机喷油。
在B-52带飞状态，无人机各冷却系统不工作，估计要由母机提供设备舱空调空气和电源。无人机身上有相应管道接口和很大的电源插头。
失败原因：可靠性太差
D-21B上的电气和电子设备常常出现故障，其所用的计算机和电路连接器如多针插头和电线等，造成了很多难以预料的故障。D-21虽然机体和推进系统先进，但当年其电气和电子设备所用的硬件水平与任务要求明显不相适应。
据报道，D-21B在臭鼬工厂调试好，刚运到比尔空军基地就会出问题，有的问题在基地只需作很小的调整就能解决，但有时问题很大，总之没有一次不发生问题的。所以，D-21B四次执行任务全都失败，原因可能是其可靠性太差。
