39型艇装备了中国最先进的鱼-6热动力线导（具备主被动声自动、与尾流自导能力）鱼雷，鱼三乙等改进型电动力鱼雷，这些先进的鱼雷的使用也让039型艇获得了良好的打击敌潜艇、水面舰船的威力。
039型艇也装备了中国鹰击-82型潜射反舰导弹，这让解放军常规动力潜艇在打击方式上更丰富，打击手段上更完备，提高了打击敌水面舰艇的能力。
039B较039型主要外观上的改进为：潜艇的围壳与潜艇主体的连接处加装了填角结构，对于降低水动力噪声有益。039B艇体中段更长，可以加装AIP动力系统。
另有报道称，039B两舷水线下的声呐换装了更先进的被动舷侧声呐阵，灵敏度更高，探测距离更远。
解放军已装备有至少4艘039B元级改进型AIP潜艇，其技术超过了日本最新锐的苍龙级潜艇，表明解放军常规潜艇技术已日趋成熟。
