其次，中东欧国家自主原则受到侵蚀。入盟之后经过一段时间相处，由于历史经历不同，中东欧国家与欧盟在政治、思想、文化上的差异开始显露，并在内政治理问题上屡屡突破欧盟条条框框的底线，引发欧盟控制与中东欧国家反控制的斗争。目前，双方僵持不下，看不到问题解决的前景。
最后，中东欧国家主权受到挑战。名义上，欧盟是一个主权国家的联盟，但实际上随着一体化深入进行，成员国的主权已变得十分模糊，主权让渡的边界也不清楚。在难民分摊问题上，欧盟居高临下对成员国发号施令，遭到中东欧国家坚决反对和抵制。
中东欧国家对平等、自主和主权的执着追求，是一条贯穿这些国家入盟之后历史的主线。尽管不断受到欧盟的打压，但是由于在经济上离不开欧盟，中东欧国家秉持“斗而不破”原则与欧盟周旋，在可能范围内寻求妥协依然是其主要的诉求。
