印尼土人日军作战训练
这种误解，还来源于华人和土著民族对二战的不同看法。由于印尼土著民族长期受到欧洲殖民者的压迫，所以印尼土著将占领东南亚期的日军视为解放者，包括印尼、缅甸在内的很多国家，并没有认清日军占领只是帝国主义的侵略者赶走了殖民主义侵略者这一事实。
而与此同时，南洋的华人华侨心系祖国，四处筹款募捐，在政治态度上倾向欧美国家，力图赶走日军。这一行为，在印尼独立之后也被解读为“为虎作伥”。
在民族国家的重建过程中，必然包含着对自我的想象以及对他者的界定。早在荷兰殖民时期，殖民者对印尼土著民族和华人就采取分而治之的方式，华人与印尼本土文化并没有大面积的深入融合。独立以后，由于本土民族拥有90%以上的人口，所以印尼民族国家的建立是以这个群体为基础的。
但由于华人在印尼社会中的影响和权重巨大，以一种什么样的方式化解华人社会人口和财富的不平衡，如何让华人有效地融入印尼社会，应该是国家重建时应该首要考虑的问题。但是很可惜，印尼社会简单地将华人设定为印尼民族的假想敌，采取了最简单的极端民族主义策略。
这种极端的民族主义策略有一种内在的矛盾。一方面，印尼先是取消了孔教（儒教）在印尼宗教中的合法地位，禁止中国传统的风俗习惯，全面禁止华文出版物和华语学校的运营。试图以同化的方式来消灭其他民族的特征；另一方面，不断紧缩归化入籍的政策，杜绝其他民族和自己交融的可能性。这种封闭的民族政策，完全无视了既有的社会结构，以至于没有合理的政策来疏解民族矛盾，最终只能诉诸暴力。
印尼的民族国家建设，涉及到经济秩序的重建、民族问题的厘清和有序政治的架构。印尼政府和社会将对华人的排斥和打压视为经济分配和解决民族问题的方法，可是几十年的排华史，恰恰展现了印尼社会经济分配失序、政治权利不平等、民族矛盾难以和解的重重矛盾。正视排华的历史，便是重新审视整个国家现代化重建的病灶，这对于一个民族来说是非常困难的。
