他说，陈水扁的整个8年任期，单一台湾人认同的比例，其实并没有快速上升，在陈水扁第二任的时候，采取了更为激进的台独作为，包括要“正名、制宪、建立新国家”，造成美国反对以及台海紧张对峙，但台湾人民并没有跟着陈水扁的方向走。
然而，张荣恭认为，认同的快速变异，陈水扁当然是关键，他任内推动大规模“去中国化”的教育，让台湾社会的认同快速转变，如今的太阳花世代，所谓的“天然独”，是在“去中国化”的土壤上成长的。苏起则说，教育固然是原因，更巨大的是时间的力量，年轻人很难认同对岸那块土地。
“去中国化”教育是陈水扁最重大的认同工程，他依据“同心圆史观”研定的高中历史“九五课纲”可以说是对认同的剧烈冲撞。但当年“九五课纲”主导者、现仍是“中研院院士”的杜正胜澄清说，“同心圆史观”是以每一个人作为中心，它实与统独无关，譬如江苏、福建、东北、新疆，都应有一个“同心圆史观”，说同心圆是台独史观太小看它了。
杜正胜说，课纲只是大标题而已，比如说，“九五课纲”规定教科书要写入《开罗宣言》与《旧金山和约》，但并未指导要如何撰写，真正的撰写者是民间教科书出版商。这两个历史文件各自隐含不同的政治意涵，《旧金山和约》可能导引到台湾地位未定论，《开罗宣言》则明确主张台湾、澎湖群岛归还“中华民国”，但课纲本身并不会产生特定的结论。
他说，认同并不是“总统”一人说了就算，作为学历史的人，他一向以为历史的发展有它的“时势”、它的潮流，他作了一个反推，问道，马英九上台后不是极力表现要统一的趋向吗，为什么主张独立的人却更多了？
