第二天苏哈托拒绝了苏加诺关于政治解决危机的要求，并迫使苏加诺任命他为负责恢复治安和公共秩序的部长和陆军司令。之后，陆军很快攻占了哈林空军基地。“9·30运动”以失败告终。
关于“9·30”政变的真相，苏加诺和苏哈托的支持者各执一词。那么，印尼共与“翁东政变”到底有没有关系？据中情局报告，印尼共领袖艾地曾在8月28日的一次会议上明确表示：“现在的问题是，印尼共应当坐等总统逝世、让自己遭受突然的打击呢，还是先发制人，挫败陆军的行动和攻击？我更倾向于先动手。”中情局的结论是：“印尼共产党在策划政变中起着中心的作用，……有确凿的证据证明，所有重大决定都是由印尼共产党做的。”
不过，在事变发生后，印共总书记艾地指示党的各级组织：千万不要举行拥护“9·30 ”运动的示威游行，声明那些是陆军内部事务，与印共毫无关系，并表示完全支持苏加诺宣布的任何解决办法。此后艾地被迫转入地下活动，但他却在意料之外，被贴身警卫中的一个陆军谍报处的特务出卖了，而遭到杀害。
